PFR Ventures działa w formule funduszu funduszy (FoF). Oznacza to, że środki, którymi zarządza najpierw trafiają do funduszy venture capital, które następnie inwestują w innowacyjne przedsiębiorstwa. Takie rozwiązanie pozwala m.in. na zaangażowanie inwestorów prywatnych, którzy powierzają funduszom środki równolegle do PFR Ventures. Dodatkowo, funduszami venture capital zarządzają doświadczeni managerowie. Są oni w stanie odpowiednio oceniać potencjał inwestycyjny spółek, a następnie pomagać w ich rozwoju w taki sposób, by zwiększały swoją wartość, a w konsekwencji pomnażały zainwestowany kapitał.
W latach 2017-2023 PFR Ventures zainwestowało w ramach programów Starter, Biznest, Otwarte Innowacje, KOFFI oraz NCBR CVC w 32 fundusze VC. Horyzont inwestycyjny wszystkich funduszy, które zostały zasilone kapitałem POIR sięgał 2023 roku. W następnych latach zespoły zarządzające skupią się na rozwoju spółek (w tym inwestycjach w ramach tzw. rund follow-on) i stopniowym wychodzeniu z transakcji (tzw. exitach). Równolegle, w 2024 roku PFR Ventures rozpoczęło drugą edycję programów, która została oparta ponownie o kapitał unijny.